La fachada del templo de San Francisco Javier es un ejemplo del arte arquitectónico y escultórico del siglo XVII, una imponente construcción dedicada a labores de enseñanza donde los Jesuitas se establecieron para aprender lenguas indígenas, forma parte del Museo Nacional del Virreinato (MNV), ubicado en Tepotzotlán, Estado de México y es actualmente el recinto para promover las artes y la cultura.
El templo es el emblema que identifica al MNV, es la cara de esta institución creada a partir del 19 de septiembre de 1964, con servicio de la sociedad y abierta al público que conserva y difunde la riqueza histórica de México, testigo de un pasaje por todos los tiempos.
La vistosidad en su interior y la acústica natural son la característica ideal para desarrollar actividades musicales, artísticas, conferencias, muestras de cine, ha sido cede de conciertos y festivales de música sacra y contemporánea, con atracción del turismo local, nacional e internacional en el pueblo con encanto de Tepotzotlán.
Para remontar un poco de su pasado, los documentos indican que la construcción del templo de San Francisco Javier comenzó en el año de 1670 y concluyó en 1682 por los arquitectos Diego de la Sierra y José Durán, la torre como la fachada de la iglesia son obras del arquitecto Ildefonso de Iniesta Bejarano y Durán, consta de una fachada tallada en piedra de chiluca gris.
En su interior se observan algunas esculturas que simbolizan la gloria del matrimonio cristiano, los cuatro evangelistas y la figura de San Francisco Javier, San Miguel Arcángel y a la Virgen María.
La decoración de la iglesia se realizó a mediados del siglo XVIII, con diversos retablos dorados, los cuales están dedicados a San Francisco Javier, la Virgen de Guadalupe, a la pasión de Cristo, por mencionar algunos.
La historia indica que fue abandonado luego de la expulsión de los Jesuitas de la Compañía de Jesús en 1767, ordenada por el rey Carlos III desde España, posteriormente en 1774 la iglesia y el colegio fueron cedidos al clero secular para convertirse en un colegio de corrección y retiro voluntario, pero nuevamente fueron abandonados al poco tiempo.
Con la Leyes de Reforma el templo fue declarado como propiedad del Estado, los jesuitas lo recuperan por un tiempo en el año1870, luego lo ocupa el noviciado a Michoacán, permaneciendo abierta para actividades religiosas hasta 1958, que fue cuando empezaron las restauraciones y adecuaciones para albergar el Museo Nacional del Virreinato, declarado en 20210 como Patrimonio cultural de la humanidad.